清朝初期，康熙皇帝尚年少，奸臣当道，民不聊生。“天地会”是一个推翻清朝的民间组织。“天地会”首领陈近南在一次行动中幸得韦小宝相救，小宝就此加入天地会，被派到王宫当卧底，偷取藏有清朝秘密的《四十二章经》。聪明机灵的小宝很快便成为了皇上的心腹，做了大官。小宝陷入了两难的状态，他既要执行任务却又跟皇帝成为了好朋友。就在小宝想要逃走之际，师父陈近南找到了他，并派人监视他回到王宫。宫廷之内十分险恶，鳌拜欲篡夺皇位，而邪教组织神龙教也将真正的皇后软禁，让自己的圣女龙儿化装成皇后，伺机盗取《四十二章经》。机智的韦小永宝周旋于众人之间，并借假太后龙儿之手将鳌拜制伏。皇帝再封小宝为更大的官，小宝自此权倾朝野，继续做他的边缘人。

　　韦小宝要护送建宁公主嫁到云南，以安抚图谋造反的吴三桂父子。在途中遇到了独臂神尼的刺杀。小宝被抓走后，借口拜神尼为师，其实是想追求其徒弟阿珂。不料韦小宝被神龙教圣女龙儿抓走，想要报之前在王宫里埋下的仇恨，却没想到遭到了平西王的陷害。韦小宝极力相救，龙儿以身相许更把绝世武功传于韦小宝。韦小宝与公主之间的事情被平西王发现了，平西王更提前造反。小宝在独臂神尼、神龙教、天地会、云南王等多方势力角逐中终得化险为夷、还赢得了包括龙儿在内的众多姑娘的芳心。最后制服了吴三桂父子，回到京城受到皇帝赏识，同时，韦小宝天地会的身份被人密告皇帝……