1614年德川家康主宰天下期间，两个长久以来处于敌对的忍者村落——伊贺与甲贺，为了维护和平，二方祖先便订立了约定，互不往来但定期比武决胜负。两个忍者村落的个别继承人胧（仲间由纪惠 饰）与弦之介（小田切让 饰）在偶然不知彼此身分之下相遇认识，进而坠入情网，但悲惨的宿命却正等候着他们两人。德川为了确实掌握政权，于是展开政治密谋，挑起两边村落间的冲突与对立，进而消灭对方的种族。此时胧与弦之介将被迫成为敌人，两人必须背负起家族使命展开决斗……

2022年——乃是忍者活跃期间的年代。 所谓的忍术，对于该年代的人们来说，那已经是个日常，但也是个充满了新的运动竞赛方式。 平常只是作为月薪制的工薪族生活，总是展现出被妹妹称为“废物的是只擅长忍术吧”的让人吃惊程度地狼狈不堪的样子的青年：神藏莲太郎，他的另一个身份是与暗之忍者军团·虹蛇相战斗的传说的忍者·假面骑士Shinobi。 这是一个暗中保护他人，斩除堕落者的年轻忍者故事。座右铭为——“忍字意为斩刃之心！”

　　世上不存在忍者——这是普遍的想法。就算真的存在忍者，他们也不会出现在我们面前。所以，忍者在“表面上”是不存在的。主人公樱羽一时是个和我们一样不认为存在什么忍者的普通男生。他本应有一个普通的，幸福而光辉的人生。但是某一天，他却遇到了想杀死他的人，而且还听说这是甲贺忍者的所作所为。为何一时会被人盯上？因为他是历史悠久的伊贺忍者第19代正统继承人。伊贺和甲贺常年对立，甲贺想要侵略伊贺。一时想要活下去，就只能自己成为忍者。从此，一时投身于不为人所知的忍者世界。为了成为一个合格的忍者而学习、战斗、直面苦难。但这些，相比一时所要面临的残酷命运，不过只是序章而已…… 　　制作出《Aldnoah Zero》、《偶像星愿》的TROYCA所献上的，让人难以预料结果的原创忍者动画，2022年开播！

1555年，时为战国时代。有位青年怀抱着远大的梦想，被人称作大傻瓜的他正是后来的织田信长。有一位仰慕着青年的少女，被信长的梦想所吸引的她笑着说道“我要成为信长大人的忍者！”目标只有一个，那就是天下布武！

日本战国时代，“魔王”织田信长一步步剪灭诸国，势力不断扩张。信长的下一个目标是伊势的北畠家。他派次子信雄到北畠家做婿养子，从而成功收服了包括日置大膳、长野左京等重臣在内的北畠家。特别是有了像日置大膳这样武勇足以轰动织田家的猛将之后，织田军更加坚如磐石。现在，织田离统一天下的目标近在咫尺。 然而，还有一个国，没有被织田征服。那就是伊势的邻国——伊贺。伊贺的居民是一群不可思议的忍者，他们被称为可怕的“虎狼之族”。那些忍者之中有一个技艺高超、名叫“无门”的人，再坚固的门在他面前也宛如无物。不过，平时，无门只是个平庸的懒汉，每天被妻子阿国责骂。另一方面，技艺足以匹敌无门的伊贺忍者下山平兵卫，对于连家人的性命都视如草芥的伊贺忍者的生存方式产生了疑问，认为这样的忍者应该灭亡。 这一天，织田终于举兵讨伐伊贺。平兵卫则决定背叛祖国，引领织田军进攻伊贺。面对具有压倒性优势的织田军，伊贺无论是战斗力还是人数都完全没有胜算。然而，无门率领的忍者军团准备以无法想像的秘计与织田军对抗到底.

战国大名织田信长试图统一四分五裂的日本。一位精通忍术的年轻人被一位忍者大师操纵，试图在信长完成任务前刺杀他。

风云般地吹来，一位有着痛苦命运的蓝眼女忍者降临了！蓝眼忍者圣，是一位凶猛而冷血的刺客。她在从基督教大名六煞的宝库中取出秘传不朽卷轴后，遇到了一名小偷，并与他展开了一场剑战。在激烈的战斗中，她受伤了，但被一个名叫清太郎的基督徒救了，他们开始互相倾慕。但她的幸福日子并没有持续多久。大日神教公开批评基督教这一“不良外来宗教”，并编织黑暗阴谋杀害圣圣和基督徒。

【时间跨度：1582-1594】影片伊始，武将织田信长骑马前往伊贺绫之国神社。有人问他是否认为自己已经消灭了所有与他为敌的忍者，他回答说他怀疑可能还有更多。一名仆人端来水试水，水质呈阳性，随后传来枪声，两名忍者逃离现场。信长证实了自己的怀疑，他监督处决了俘虏的忍者，并决定以后需要一种更加残酷的处决方式。大名丰臣秀吉前来拜访。

【故事背景：1616年】1615年5月8日，大阪之战进入白热化阶段。本片紧接《忍者4：雾才藏，最后的忍者》之后。雾才藏始终领先于幕府将军的军队，试图拯救真田氏，并为主君报仇，刺杀初代德川幕府将军。继前四部精彩的系列电影之后，更多前所未见的忍者技艺首次展现在世人面前。随着才藏孤身一人攻入幕府宫殿，战斗场面也愈发激烈！