突袭世界的大灾难“第二次冲击”后，世界在废墟之上重建。14 岁的少年碇真嗣被父亲碇元渡叫到第 3 新东京市。本以为能见到父亲迎接的他，却见到名为“ 使徒”的巨大生物与军队交火。危急之下，特务机关 NERV 的葛成美里将真嗣救下，并将其带往碇元渡所统领的 NERV 总部。但迎接真嗣的，却是是父亲冷酷地命令：驾驶称为“EVA”的巨大人型机器人与使徒战斗。本已表示拒绝的真嗣，看到重伤的替补驾驶员绫波丽后，决定遵从父亲的命令。就这样，从未受过作战训练的真嗣，准备驾驶 EVA 初号机迎战使徒。 不断袭来的使徒，身份不明的绫波丽，从德国来的驾驶员惣流·明日香·兰格蕾，14 岁的少年要面对远超自己能力的挑战。而碇元渡不动声色地观察一切，一个称为“人类补完计划”的神秘计划正在按照他的计划实现。

《新世纪福音战士》系列第二部剧场版，于 1997 年 7 月 19 日在日本上映。全名：《新世纪福音战士剧场版：THE END OF EVANGELION》（日语：新世紀エヴァンゲリオン 劇場版 THE END OF EVANGELION - Air/まごころを、君に，英语：NEON GENESIS EVANGELION: THE END OF EVANGELION - AIR/SINCERELY YOURS）。剧情承接 TV 动画版第 24 集，包括了重新制作的第 25 、第 26 话。在这部剧场版中第 25 话的名字是 “AIR”（天空），而副标题是 “LOEV IS DESTRUCTIVE”（爱是一种伤害）；第 26 话的名字是 “YOUR SINCERELY”（真心为你），副标题是“ONE MORE FINAL: I NEED YOU”（再说最后一遍：我需要你）。剧场版的每一话都和电视版一样有一个 “EYE - CATCH” 镜头（即每集中间那个黑底白字的英文标题）。这部剧场版标志着整个旧世纪《新世纪福音战士》的终结。影片分成 “Air” 与 “真心为你” 两个部分。神秘的 EVA 零号机驾驶员绫波丽，在与碇元渡约定之时，来到了 NERV 底层中央教条的红色水池边。她的命运似乎就将在此结束。在危急时刻，葛城美里不但要完成加持良治交待的对“第二次浩劫”真相以及“人类补完计划”的探查工作，还要保护碇真嗣与明日香，以及防备 SEELE 对初号机与二号机的物理接触。出于对碇元渡的憎恨，赤木律子接受了 SEELE 引爆 MAGI 的提案，她能否成功 ？长期与 SEELE 共事的碇元度、冬月耕造、碇唯，为了防止人类“最终的悲剧”，而酝酿了的“人类补完计划”能否实现 ？尽在《新世纪福音战士》电影版第 2 部中解答。

新世纪福音战士剧场版《死与新生》的宣传视频。该视频于 1997 年 1 月 25 日发布，内容涵盖了该系列电影的剧情概述、演员采访、《灵魂的悲歌》音乐视频以及该电影的多个预告片。

《新世纪福音战士交响乐》（日语：エヴァンゲリオン交響楽）是以日本动画《新世纪福音战士》为题材的乐队现场专辑。1997年12月22日以CD形式发售，1998年9月9日则以VHS和LD形式发售了音乐视频版本，发售商为STARCHILD。它是《新世纪福音战士剧场版：Air/真心为你》在电影院上映之前，1997年7月6日、7日、8日、9日和14日在Bunkamura Orchard Hall举行的音乐会录音和录音的节选。内容除了管弦乐和英国艺人的演唱、rap以外，还收录了在动画本篇中演出的声优的MC。

人类社会在名为“第二次冲击”的灾难中毁灭。15 年后，幸存的人类面临着另一场考验：被称为“使徒”的巨大生物体出现了。没有人知道他们的起源或动机。为了阻止这一致命威胁，联合国委托秘密组织 NERV 制造巨型机器人 EVA 。 【PS ：此处并非真正的发行影片，是把复兴/REVIVAL版中《DEATH(TRUE)²》、《Air》、《真心为你》 单独拆分而设置的条目】 以下是关于“复兴版” 的介绍: 《新世纪福音战士剧场版：复兴》 中包含 《DEATH(TRUE)²》、《Air》、《真心为你》三部内容。“复兴版” 是将《死与新生》在101分钟的基础上进一步压缩到73分钟,配上略加重剪的《air》和《真心为你》组成一个最终的EVA剧场版合辑。(一个简单的的分辨标志，《DEATH(TRUE)²/死与新生》片尾是卡农+中场休息的，就是《复兴版》，否则为老板。 《复兴/REVIVAL》从未以它完整的剧场版形式通过DVD和VHS推出。取而代之的是《THE END OF EVANGELION》和《死与新生》分别发售。其中《死与新生》容纳了“DEATH”的“DEATH (TRUE)2”版。 《THE END OF EVANGELION》中包含《Air》、《真心为你》两部内容

《新世纪福音战士》系列第一部剧场版，于 1997 年 3 月上映。全名：《新世纪福音战士剧场版：死与新生》（NEON GENESSI EVANGELION: DEATH AND REBIRTH）。这部剧场版由 “DEATH篇（死亡篇）”与 “REBIRTH篇（新生篇）”两个部分构成。“死亡篇”是以原电视版第 1 ～第 24 集的内容为基础，重新剪辑、改编的一个约60分钟篇幅的总集篇（电视版的图象为了适应剧场版的需要裁剪成了 1.85:1 的画面比例）。大约有 20 分钟新的镜头，其余的仍是原电视版的画面。在“死亡篇”中出现的新镜头是出现在电视版的第 21 ～第 24 话的导演剪辑版中的。但是，这些新加入的镜头与剧场版衔接得天衣无缝，看不出是后来加入的。而“新生篇”内容是承接电视版第 24 集后的内容，是剧场版《AIR/真心为你》的开头 30 分钟的内容：第十七使徒被消灭后，SEELE 向 NERV 下达命令，要 EVA 初号机负责执行“人类补完计划”。然而碇元渡不认同 SEELE 的做法，拒绝执行。SEELE 认定这是一种叛变的行为，决定把 NERV 彻底消灭。破晓时分，NERV 本部突然遭到来自战略自卫队的袭击，他们对 NERV 的人员进行了惨无人道的大屠杀。为了保护驾驶员，葛城美里命令把精神崩溃的明日香送上二号机，并放在湖底的深处，自已就亲自去救碇真嗣 。但此时的碇真嗣已经处在精神崩溃的边缘。

《新世纪福音战士》系列第三部剧场版，于 1998 年 3 月上映.全名：《新世纪福音战士剧场版：REVIVAL OF EVANGELION - DEATH(TRUE)²/AIR/真心为你》（NEON GENESSI EVANGELION: REVIVAL OF EVANGELION -DEATH(TRUE)²/AIR/SINCERELY YOURS）。本片由剧场版《死与新生》中的死亡篇的 (TRUE)² 版和完整的剧场版《AIR/真心为你》构成，是总时长160分钟的剧场版合集。需要注意的是有些所谓的《死与新生》，其实是本片的 “DEATH(TRUE)²” 部分，这导致了一种《死与新生》中的片尾曲“魂之轮回”没有出现过的假象。本片的 “DEATH(TRUE)²” 部分，是原先《死与新生》中新增了画面的电视动画总集篇 “DEATH” 篇的再剪辑修改版。而本片的 “Air / まごころ、君に”部分，即为完整的剧场版《AIR/真心为你》，又称《THE END OF EVANGELION》，是《新世纪福音战士》系列的结局。

14年前，初号机疑似神化第一形态的觉醒带来近三冲击，使世界发生前所未有的巨变。在此之后，葛城美里等NERV旧部出走，成立了反抗SEELE和NERV的WILLE。WILLE授命明日香和真里夺回被封印在卫星轨道上的初号机和碇真嗣，但绝对禁止真嗣登上初号机。感受到周遭的敌意，懵懂的真嗣跟随绫波丽登上突然入侵的九号机，返回了千疮百孔的NERV总部。在这里，他意外重逢朝思夜想的绫波，还从父亲那里得知自己将和美少年渚薰共同驾驶十三号机。长达14年的空白，期间的沧桑巨变和情感纠葛让真嗣不知所措。而看似温柔的渚薰为他揭开了种种难以置信的真相……