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地球并不只是人类的天下，其实有1500名外星人生活中我们当中，而星际移民局则处理和外星人相关的事情。纽约普通警察爱德华兹（威尔•史密斯 饰）因缘际会之下加入了这一组织，成为MIB的一员，代号J，从此没有名字、没有身份，成为特警K（汤姆•李；琼斯 饰）的搭档。J应对的第一起事件就是虫族的入侵。亚基伦王子罗斯伯在地球被虫族杀害，而他随身携带的“银河系”——宇宙次原子能源的最好来源也失踪了，若虫族找到，将给亚基伦人带来毁灭性的打击；亚基伦人发出最后通牒，如果地球人不能在一个小时之内交出“银河系”，他们就摧毁地球。为了地球的安全，K和J不得不挺身而出。

故事发生在第一部的四年之后，此时特警K（汤姆•李•琼斯 饰）已经退休，成为一名普通的邮局局长，而J（威尔•史密斯 饰）则继续从事MIB的工作。卡洛瑟星邪恶女王蛇莲娜来到地球需找宇宙能量“萨塔之星”，占领了MIB的总部。而当年逃亡到地球的萨塔公主萝娜曾请求MIB把 “萨塔之星”藏在地球，全面负责这件事情的K为了地球的安全，拒绝了她。面对来势汹汹的蛇莲娜，MIB派J去寻找k，调查当年事件的真相，怎样说服失去记忆的K相信外星人的存在，成了J面临的第一个难题…

特工M 和特工H 只是普通的地球人，却有着不同一般人类的身份，二人都是MIB的秘密探员，负责监管在地球上生活的外星人。这次他们同样要面对一场危及地球的阴谋，因此二人组成了临时搭档，准备携手面对致命外星蜂兽的侵略和组织内部出现内奸的双重危机。他们所遭遇的蜂兽，被称为宇宙最强威胁，不仅可以伪装成任意形态，更有震动大地的神奇力量，这股邪恶势力已经开始在地球上兴风作浪。面临着外星人秘密潜入地球并妄图破坏的巨大危机，一场前所未有的挑战正等着黑衣人特工前去化解……

　　故事发生在未来时代，由于宇宙战乱不断，大批外星人纷纷到地球避难。这里所说的黑衣人是专门对付外星人的特殊平平安安，他们的职责就是监视在地球上生活的外星人以及外星人对地球有什么举动。

在上一集J重新召回K作为搭档之后，时间又过去了许多年，但是曾经被K捕获的外星人鲍里斯对地球的觊觎却一直没有停歇。知道机会来临，鲍里斯 成功从月球监狱越狱。为了向斩去自己一只手臂的K复仇，他取得了时空机，回到了1969年，干掉了当时还没有太多经验的K，因而使得K没能成功设置空间A网以保护地球。第二天一早，J就发现老搭档K人间蒸发了；在诸多麻烦误解之后，J终于了解到了K已经死了四十多年。但无论未来如何发展，K都和地球的命运有着千丝万缕的联系。而且这段时间里，鲍里斯成为了地球最大的威胁，甚至引发了外星人攻击地球。没有A网的保护，地球行将毁灭。而为了阻止鲍里斯的计划，J只有穿越回1969年，去拯救年轻版的K。

一天，郭天佑(曾志伟饰)、李永祥(陈小春饰)、徐娇(杜汶泽饰)及洪国波(贾宗超饰) 四人突然不约而同离开工作岗位，换上他们绝少穿着的黑色西装，搭上毫不起眼的普通的士，准备进行一项神秘行动：14小时的“偷食”行动。原来他们的老婆或恋人——一众太太团结伴到泰国拜佛，因而获得彻底自由的14小时。他们小心策划，部署一切，务求不会浪费时间。如期出发后，行动却意外频生、处处碰壁，大家开始怀疑意外并非偶然，而是有人暗中破坏，甚至怀疑四人中有告密者存在。与此同时，一辆神秘车子更是一直跟踪着他们。原来四人的太太女友突然折返，打算联手截击他们的“偷食”行动。 “偷食”行动能否如期进行，又将如何收场呢？

添（曾志伟 饰）、Dr Lee（陈小春 饰）、娇（张达明 饰）以及大学生阿仔（黄又南 饰）平日在老婆或女友面前总是毕恭毕敬，百依百顺。其实四人都心怀鬼胎，那就是在取得他们的另一半信任之后找机会出去鬼混。 　　Mary（毛舜筠 饰）、绮贞（原子鏸 饰）、娇妻（何超仪 饰）和阿Ling（林苑 饰）是四人的伴侣，一开始她们都以为自己的另一半对自己始终如一。但四人渐渐识穿了男人们的诡计，羞愤之余，四人订立了攻守同盟，决定一起出去鬼混，以牙还牙。 　　男人们知道了自己的另一半亦开始红杏出墙后，大为紧张，开始跟踪自己的老婆或女友。他们之间的危机最终能否顺利化解？