《假面骑士》系列是由石森章太郎原作、东映株式会社制作的日本特摄系列英雄故事。

在未确认生命体4号（假面骑士空我）消灭未确认生命体（古朗基）两年后，虽然未确认生命体的威胁已经消失，和平的日子却无法长久地维持下去。 世界各地，再度出现人类离奇死亡案件，这次残杀人们的凶手，似乎是拥有人类所无法匹敌力量的神秘种族。 警方称之为——未知生命体（Unknown）。 与之前的未确认生命体视屠杀人类为游戏的行径不同，未知生命体都有选择地对超能力者下手，由于无法确认超能力者，一头雾水的警方完全不知道该如何应付。 津上翔一是一个失忆的开朗少年，被美杉教授带回家，与美杉教授的侄女风谷真鱼、儿子美杉太一一起生活。 但隐藏在翔一天真笑容背后的，其实是神秘的变身英雄——假面骑士AgitΩ。每当未知生命体现身残杀人类，他便会自动感应并变身成为谜之战士。 随着暗之力的复活，未知生命体杀人的频率越来越密集，AgitΩ在不停的战斗中感应到自己的一步步进化。 就像播下的种子般，总有一天会发芽。 由人类所化身成的AgitΩ们如雨后春笋般出现了。 心急于抹杀这些AgitΩ的暗之力一面为伤害自己的孩子而痛苦着，一面更积极地命令未知生命体杀害特定的人类。 不甘心生存的希望与未来就这样被剥夺的翔一变身为更强悍的形态。 但是遭到AgitΩ与人类们抵抗的黑衣青年终于被惹恼，决定消灭掉已经不再听从他的孩子——人类，要将世界重造。 要相信人类到什么程度呢？ 人类，到底有多少可能性呢？

制作假面骑士网站的真司突然察觉镜兽的出现，于是变身进入镜世界，但却出现一连串怪事：没有相反的镜世界景象，自称要守护人类、自由、和平的夜骑、铁兵、王蛇三人，还有带领着镜兽的神秘骑士Agito……

电视君被Unknown盯上，于是想请假面骑士做保镖，但由于骑士有三个，所以他把三人都请来，以选出最强的一位……

「超能力开发研究所」突然遭到无数不明生命体的攻击，研究所已经完全被破坏殆尽。混乱中，原本在研究所中被实验的超能力者小雷(10岁)与纱绫香(12岁)趁隙逃了出来。数月之后，不明生命体的政击再度出现，这次的目标竟然是纱绫香，翔一闻讯之后立即变身为假面骑士颚门，与G3-X一同前住救援。突然间，G4出现了，他的出现让众人非常惊讶。因为在两个月前，G4的蓝图被盗，它的力量强大，但是穿戴它的人往往受不了而致命，到底是谁偷走G4后又制造它？不明生命体的攻击到底来自何方？假面骑士颚门，G3-X，G4与不明生命体之间的战争即将开打！ ！

之前照顾翔一的心理医生国枝东突然拜访他，与此同时，最强UNKNOWN－Beetle Lord出现，翔一变身为燃烧型态迎战。但因为燃烧型态的力量过于强劲，翔一无法自控并且袭击国枝。袭击过后的翔一十分失落，为了开解翔一，国枝道出了自己的一段过去……