故事发生在椚丘中学三年E班，表面上，这是一个普通的班级，然而实际上，这里聚集着的均是技艺高超冷酷无情的杀手。每一年，他们通过特殊渠道接收着来自世界各地的暗杀任务，替各国首脑“排忧解难”，而这一次，他们有了一个统一的目标——刺杀班主任杀老师。杀老师是一个神奇的存在，它的外表并非人类，却有着及其敏感的神经和及其迅速的反应力，没有人知道它从哪里来，也没有人知道，它为何会变成三年E班的班主任。因为想要毁灭地球，杀老师成为了暗杀名单上的高价悬赏人物，而作为三年E班的学生，只要成功消灭杀老师，即可毕业。就这样，围绕着这位神秘的老师，充满了危险的日常就此展开。

故事以椚丘中学3年E班为舞台，被称为史上最凶恶的超生物“杀老师”将月球炸掉了七成，并扬言明年要炸掉地球，却以不明目的而担任椚丘中学3年E班的教师。各国首脑将暗杀的重任交给椚丘中学3年E班，配送特制的武器给他们，希望学生们能在一年之内将杀老师杀掉，成功报酬是一百亿日元。在第二学期开始，国家决定成功暗杀的人，个人就得到一百亿日元报酬，其参加的团体可共得三百亿日元报酬。各同学想尽办法杀死这名老师，故事围绕着非日常的校园生活而展开……