1972年，阿波罗17号登月计划在月球发现连接地球与火星的古代文明遗产“超空间门（ハイパーゲート）”。随后地球向火星派出了以雷列加利亚博士（レイレガリア博士）为首的调查团。在火星上发现古代火星文明的“Aldnoah”科技。伴随着火星殖民进程与科技垄断主张，火星开拓民与地球之间的摩擦越发扩大。
1985年，雷列加利亚博士在火星成立“薇瑟帝国”并称帝。1986年，地球为对抗火星而组建联合政府。1999年，雷列加利亚之子，第二任皇帝基尔泽利亚（ギルゼリア）对地球宣战，却在侵略期间死于因超空间门失控而摧毁月球的灾难“Heaven's fall”。2000年，火星与地球停战。
2014年，已经休战十余年的地球与火星正在进行和平谈判。另一方面，基于地球与火星再战的假设，格斗技与人形战斗兵器先后进入地球的义务教育，居住于日本新芦原市的高中生界冢伊奈帆，就是成长于斯的其中之一。
与此同时，薇瑟帝国公主艾瑟依拉姆·薇瑟·艾莉欧斯亚（アセイラム・ヴァース・アリューシア）以亲善大使的身份访问地球，在其身后目送其离开的则是于地球出生而在火星上长大的少年斯雷因·特洛耶特（スレイン・トロイヤード）。然而，她的游行车队随后在新芦原市遭到薇瑟帝国间谍的导弹攻击，前线的火星骑士将其视为地球的宣战公告，纷纷将停驻于地球卫星轨道的扬陆城降落地球，对世界各国展开攻击，地球与火星间的战火再次爆发。
